OnkoSEQ Insight - genetická analýza vrozených nádorových predispozic

Detailní popis produktu

Dědičná nádorová onemocnění tvoří klinicky významnou část onkologických diagnóz. Jejich hlavním rysem je zvýšené (a často velmi vysoké) riziko vzniku nádorového onemocnění u nosičů vrozených patogenních variant v klíčových predispozičních genech. Nádorová onemocnění vznikající na podkladě dědičné predispozice představují 5–10 % případů všech onkologických onemocnění. V České republice se jedná ročně o několik tisíc osob. Identifikace kauzální varianty v nádorových predispozičních genech má zásadní prognostický a v některých případech i prediktivní význam. Tato analýza je vhodná pro jedince s osobní nebo rodinnou historií nádorových onemocnění a doporučuje se především těm, kteří mají výraznou rodinnou anamnézu, aby mohli přijmout preventivní opatření, pokud by se u nich vyskytla rizika.

Klíčové indikátory související s predispozicemi k nádorům jsou:

• Opakovaný výskyt specifického typu nádoru v rodině (např. rakovina prsu, vaječníků, tlustého střeva apod.) a vícenásobný výskyt nádorů v rámci jedné generace nebo mezi příbuznými prvního stupně.
• Diagnóza nádorového onemocnění ve věku mladším než 35–50 let, v závislosti na typu nádoru (často jde o geneticky podmíněné případy).
• Přítomnost známých hereditárních nádorových syndromů v rodině, jako je Lynchův syndrom, Li-Fraumeniho syndrom nebo familiární adenomatózní polypóza.
• Identifikace patogenních nebo pravděpodobně patogenních variant v predispozičních genech, jako jsou BRCA1, BRCA2, APC, TP53, MLH1, a další.
• Přítomnost charakteristických rysů, jako jsou polypy v trávicím traktu (u familiární adenomatózní polypózy) nebo určité typy kožních lézí spojené s nádory.
• Přítomnost nádorů, které jsou méně běžné, ale mají častou genetickou asociaci (např. medulární karcinom štítné žlázy nebo retinoblastom).

Co přesně zahrnuje služba OnkoSEQ Insight? 

1. Kompletní sekvenaci Vašeho genomu v nadstandardní kvalitě a analýzu Vaší genetické informace personálem příslušné odbornosti.
2. Lékařskou zprávu zaměřenou na vyhodnocení genetické predispozice k nádorům, která je určená ke klinické interpretaci.
3. Vstupní a výstupní konzultaci s klinickým genetikem, který s Vámi probere výsledky genetického vyšetření a potenciální dopady na Vaše zdraví a plánování budoucnosti.
4. Screening zárodečných variant ve více než 220 genech asociovaných s dědičnými nádorovými onemocněními.
5. Na vyžádání a bez poplatku lze lékařskou zprávu obohatit o analýzu dalších desítek genů doporučených americkou společností lékařské genetiky (American College of Medical Genetics and Genomics), které jsou spojené s rozvojem závažných a dobře prozkoumaných onemocnění, a u kterých je možné včasným zásahem zmírnit nebo zabránit jejich následkům. Mezi tyto nemoci patří například některé kardiovaskulární a metabolické poruchy.
6. Bezplatné uchování dat po dobu 2 roky – v případě žádosti možnost využití za účelem další analýzy za doplatek:  
   • Komplexní kardiogenetické vyšetření (10 000 Kč) –  analýza vrozených genetických variant asociovaných s kardiomyopatiemi, vrozenými arytmickými a aortálními syndromy,  poruchami pojivové tkáně a dalšími kardiovaskulárními diagnózami.
   • Test přenašečství (10 000 Kč) – screening zárodečných variant ve více než 2400 genech souvisejících s rozvojem autosomálně recesivních  a/nebo X-vázaných nemocí, které u nositele standardně nezpůsobují onemocnění, ale mohou být přeneseny na potomstvo.
   • Farmakogenomická analýza (6 900 Kč) – genetické vyšetření zaměřeno na vyhodnocení genetické kompatibility s určitým typem léčiv
   • Vypočet skóre polygenního rizika* (6 900 Kč) – stanovuje rizikovost rozvoje vybraných kardiovaskulárních (atriální fibrilace, ischemická srdeční choroba a další), onkologických (rakovina prostaty = muži \ rakovina prsu = ženy), a metabolických (diabetes 2. typu) onemocnění.

*Skóre polygenního rizika = tento typ analýzy je určen pro odhad rizika manifestace tzv. polygenních onemocnění = tzn. neplatí pro ně mendelistická dědičnost, a kromě genetické části se na rozvoji onemocnění podílejí také faktory vnějšího prostředí. U takových onemocnění lze stanovit pouze odhad rizika pro rozvoj onemocnění založený na statistickém zhodnocení genetických populačních dat mezi skupinou zdravých lidí a lidí, u kterých se konkrétní onemocnění projevilo.

V čem se lišíme?

Jako jediná laboratoř v ČR provádíme genetické testování s využitím technologie pro sekvenování celého genomu, což nám umožňuje hodnotit genetické varianty ve všech genech asociovaných s vrozenými nádorovými onemocněními a zachytit tak větší množství potenciálně patogenních variant v kvalitě vhodné pro klinické hodnocení.

Následující srovnání provádíme vůči panelu od společnosti Roche (KAPA HyperCap DS Hereditary Cancer Research Panel), který byl navržen pro identifikaci genetických variant v 226 klíčových predispozičních genech se spojitostí pro rozvoj vrozených nádorů prsu, ovarií, endometria, pankreatu, žaludku, ledvin, kolorekta, prostaty a kůže.

** Patogenní (P) a pravděpodobně patogenní (LP) genetické varianty dle klasifikace americké společností lékařské genetiky (American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG). Celkové počty detekovatelných variant byly stanoveny k 08/2024. Aktuální počty P/LP variant se mohou mírně lišit v důsledku pravidelné aktualizace databází a reklasifikace variant. Exon = kódující část genu, Intron = nekódující část genu.

 Reference

Huang, H., Couch, R. E., Karam, R., Hu, C., Boddicker, N., Polley, E. C., Na, J., Ambrosone, C. B., Yao, S., Trentham-Dietz, A., Eliassen, A. H., Penney, K., Brantley, K., Bodelon, C., Teras, L. R., Hodge, J., Patel, A., Haiman, C. A., John, E. M., … Couch, F. J. (2024). Pathogenic variants in cancer susceptibility genes predispose to Ductal Carcinoma In situ of the breast. Clinical Cancer Research. https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-24-1884

Janatová, M., Chvojka, Macháčková, E., Soukupová, J., Zemánková, P., Nehasil, P., Zavoral, T., Hrušková, L., Janíková, M., Kozáková, K., Lhota, F., Tavandzis, S., Kleiblová, P., & Kleibl, Z. (2023). Classification of germline variants identified in cancer predisposition genetic testing – consensus of the CZECANCA consortium. Klinicka Onkologie, 36(6), 431–439. https://doi.org/10.48095/CCKO2023431

Leung, E. Y. L., Robbins, H. L., Zaman, S., Lal, N., Morton, D., Dew, L., Williams, A. P., Wallis, Y., Bell, J., Raghavan, M., Middleton, G., & Beggs, A. D. (2024). The potential clinical utility of Whole Genome Sequencing for patients with cancer: Evaluation of a regional implementation of the 100,000 Genomes Project. British Journal of Cancer. https://doi.org/10.1038/s41416-024-02890-6

Rizzacasa, B., Nicolì, V., Tancredi, C., Conte, C., Salehi, L. B., Carriero, M. L., Longo, G., Cirigliano, V., Lopez, L. I., Palao, B., Portarena, I., Buonomo, O. C., Novelli, G., & Biancolella, M. (2024). Implementing the Risk Stratification and Clinical Management of Breast Cancer Families Using Polygenic Risk Score Evaluation: A Pilot Study. Journal of Personalized Medicine 2024, Vol. 14, Page 1034, 14(10), 1034. https://doi.org/10.3390/JPM14101034

Morgan, R. D., Burghel, G. J., Flaum, N., Schlecht, H., Clamp, A. R., Hasan, J., Mitchell, C., Salih, Z., Moon, S., Hogg, M., Lord, R., Forde, C., Lalloo, F., Woodward, E. R., Crosbie, E. J., Taylor, S. S., Jayson, G. C., & Evans, D. G. R. (2024). Extended panel testing in ovarian cancer reveals BRIP1 as the third most important predisposition gene. Genetics in Medicine, 26(10). https://doi.org/10.1016/j.gim.2024.101230

Soukupová, J., Zemánková, P., Kleiblová, P., Janatová, M., & Kleibl, Z. (2016). CZECANCA: CZEch CAncer paNel for Clinical Application—Návrh a příprava cíleného sekvenačního panelu pro identifikaci nádorové predispozice u rizikovych osob v České republice. Klinicka Onkologie, 29, S46–S54. https://doi.org/10.14735/AMKO2016S46

Richards, S., Aziz, N., Bale, S., Bick, D., Das, S., Gastier-Foster, J., Grody, W. W., Hegde, M., Lyon, E., Spector, E., Voelkerding, K., & Rehm, H. L. (2015). Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: A joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genetics in Medicine : Official Journal of the American College of Medical Genetics, 17(5), 405–424. https://doi.org/10.1038/GIM.2015.30

V případě zájmu a pro více informací ohledně našich genetických testů nás neváhejte kontaktovat na e-mail dna@sophgena.com nebo nám zavolejte na +420 734 55 22 55.